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不过,这种一知半解的不安感并不是所有人都有。总有人喜欢怀揣激动与兴奋,无畏地踏入充满未知的新天地,不论前方是美好的伊甸园还是注定无返的丧尸岛。前有赛格兰,后有艾达否。
“老爹,猫屎咖啡好喝吗?”
一个饱饭后的夜晚,卢赫和艾达否通话,后者如是问道。
虽然卢赫清楚艾达否是在调侃他,毕竟捉猫大军里的采屎队已名声远扬,但他对开头的称呼还是满意的。这可是对船长的尊称,辈分也大,可见艾达否当PI当得有多爽。
“别拿我涮开心,赶紧汇报工作,小心我龙颜大怒明天就给你撤了。”卢赫打趣到,心中充满期待。艾达否一如既往地穷开心,想必研究是十分顺利的。
“喳。“艾达否应得十分积极,紧接着把自己近期的探索和尝试一五一十地道来,像在讲一个很长的故事。
“一开始,对接口的研究是十分顺利的。一方面,我对人群历史时序基因组进行了全基因组DNA甲基化测序(WGBS),发现异常的甲基化优先于转座爆炸发生,并且不局限于CpG岛。
DNA甲基化是指在甲基转移酶的催化下,DNA中CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基基团的化学修饰现象。DNA甲基化通常发生在基因的5’端启动子和第1外显子“CpG岛“区域,长约1 kb,能够引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而抑制基因转录和表达。
简单来说,就是甲基化可以让基因失活或突变。甲基化相当于注释符,可以让某段代码失效。
DNA甲基化常发生于CG二核苷酸密集区,这些区域被称为CpG岛。健康人基因组中,CpG岛中的CpG位点通常是处于非甲基化状态,而CpG岛外的CpG位点则通常是甲基化的,这种甲基化的存在形式在细胞分裂过程中能够稳定保留,并可以遗传,是维持高度有序的染色质结构的重要因素。
比如一些抑癌基因CpG岛中的CpG序列呈高甲基化状态时,其可致染色体螺旋程度增加及抑癌基因沉默和表达缺失,引发肿瘤生长。转座子通常是高度甲基化的,因此并不活跃。
在接口被导入人基因组后,异常的甲基化发生了。众多基因片段的甲基化极大偏离正常状态,甲基化开始在任意位点被促进或被抑制,不论是CpG岛内,还是岛岸,还是岛外,该甲基化的不甲基化,不该甲基化的乱甲基化,一切都乱套了。
因此,转座开始频繁发生,基因突变,迅速致病。
而当接口被敲除后,甲基化自发地回归了正常水平。”
“你不觉得这个现象很符合我的猜想吗?”艾达否平淡地论述完一长串,在故事最末才开始换上一副炫耀的语气:
“正常的全基因组测序WGS是测不出甲基化的,转座引起的突变过于显眼,以至于你们一直关注转座本身。
但在我的猜想中,基因组是源码,是一种图灵完备的语言,其内包含4个字符,摆列组合成为无穷多个有具体含义的词语。当我想要研究它时,自然而然想要有针对性地改变我的代码,以我的人工合成霉浆菌为对象,单碱基地甲基化某些基因片段,把它注释掉,再看看代码的运行如何改变。
生物确实在抵触接口的存在,以改变自身源码的方式。并且这种改变是有目的性的,复杂的,以及充满智慧的。”
“智慧?”这是冗长故事中,卢赫发出的唯一一个疑问,“因为一个小小接口直接就把自己搞死了,你确定这是智慧?”
“我确定。”艾达否的语气笃定且狂热,“我不光确定这是智慧,而且能确定这智慧来自于接口,或者,换一种更容易接受的说法,是被接口触发。
我拿20分钟就能繁殖一代的大肠杆菌做实验,发现,大幅编辑、接口+大幅编辑、单一接口都可以导致被编辑的逐渐死绝,种群中最终只留下没被编辑的。但只有当种群中存在带接口的个体时,才会在群体水平上,出现十分智慧的、有益的调控。
比如,在培养基质、温度、光线等等完全相同的封闭培养瓶里,同时放入大肠杆菌和酿酒酵母,让它们彼此竞争生存资源。这时,如果大肠杆菌被大幅编辑过,那么在竞争下,它们会死得更快,最终酵母总会成为优势种群;