五、任职西南

咸丰十一年（1861年），张亮基在湖北时，向朝廷上书陈述云南的情况，并弹劾徐之铭的不法行为。恰逢布政使邓尔恒升任陕西巡抚离滇，徐之铭唆使匪徒在路上杀害了邓尔恒。此事发生后，朝廷罢免了刘源灏，并任命潘铎为新的云贵总督，同时命令张亮基前往云南调查处理，督师剿匪。

张亮基上书请求朝廷颁发募捐文凭，以筹集军饷，并招募了一千名勇士后，准备与潘铎一同前往四川，希望借助四川的力量补充军饷和兵力。然而，当时四川的军事状况不稳定，无法提供足够的支持。与此同时，张亮基的旧部林自清，当时担任云南提督，与徐之铭和马如龙等人关系紧张，遭到回族民众的敌视。得知张亮基在四川的消息后，林自清擅自率领号称一万人的部队进入四川，寻求效力的机会，但张亮基未能阻止。

徐之铭则唆使马如龙等人公开表示拒绝张亮基进入云南，双方陷入长期对峙状态。

到了同治元年（1862年），潘铎率先抵达云南上任，并请求暂时保留徐之铭以完成安抚工作。在此情况下，朝廷改命张亮基以总督衔代理贵州巡抚。不久后，徐之铭再次暗中煽动回族民众制造动乱，潘铎遭到杀害，云南的局势变得更加动荡不安。

同治二年（1863年），张亮基抵达贵州。当时，黄号、白号、苗族、教匪等各种势力在贵州境内肆虐。张亮基指挥总兵沈宏富等人攻打遵义的螺蛳堰，取得了胜利，并在上稽场歼灭了残余的匪徒。接着，他又命令总兵刘义方等人剿灭思南的教匪，收复了普安和安南。此外，他还连续攻破了在桐梓鼎城和水城厅马龙胯活动的苗匪，并在黔西擒获了匪首何润科等人，使得万余人投降。

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同治三年（1864年），尚大坪的匪徒袭击了省城，张亮基指挥沈宏富等人在城郊与之激战，歼灭了大量匪徒，并收复了修文。总兵林自清和赵德昌攻克了龙里，并收复了兴义，解除了清镇的围困，还收复了定番、广顺、长寨等城市，摧毁了龙泉、湄潭黄、白号匪的老巢，攻克了滇西卫城。

同治四年（1865年），张亮基继续在贵州作战，攻克了黔西的石阡、永宁、荔波等地。然而，贵州地贫瘠，财政困难，饥饿的军队时常要求发放军饷，有时甚至出现哗变的迹象。张亮基既要安抚军心又要防剿匪患，只能勉强维持局面。然而，他的下属将领们多傲慢不驯，舆论对他也不利。侍读学士景其濬弹劾了张亮基。张亮基反过来弹劾了总兵林自清、刘有勋，副将池有连等人，指控他们劫掠、扣押军饷，并不服从调度。皇帝下令让布政使严树森调查汇报，张亮基再次上书为自己辩解，指出严树森并未亲自前往贵州，而是留在邻省。最终，张亮基与严树森都被革职。

六、晚年

同治十年（1871年），张亮基去世。在他去世后，湖南巡抚王文韶和贵州巡抚曾璧光分别上书请求朝廷恢复张亮基的原职衔，并提议在当地建立专祠以纪念他的贡献。两位巡抚的请求体现了张亮基在其任职期间对当地社会安定和发展所做的积极贡献，以及他在百姓心中的地位。

直到光绪三十四年（1908年），湖南和贵州在京的官员们联合上书，详细列举了张亮基生前为两地民众带来的诸多福祉，请求追赠他以更高的荣誉。朝廷最终认可了他们的请求，追谥张亮基为“惠肃”！