乾隆三十五年（1770年）十二月，毕沅被任命为陕西按察使。次年，乾隆帝出巡期间，毕沅得以觐见，并向皇帝汇报了甘肃遭受严重干旱的情况。乾隆帝对此高度重视，下令进行赈济，并减免了约400万两的 速 欠 田赋，以帮助受灾民众渡过难关。这一举措体现了毕沅在灾害应对方面的敏锐性和责任心。

乾隆三十六年（1771年），毕沅升任陕西布政使，进一步巩固了他在地方治理中的地位。两年后，即乾隆三十八年（1773年），他被擢升为陕西巡抚。在这一时期，黄河、洛水、渭河相继泛滥成灾，毕沅果断决定开仓放粮赈济灾民，挽救了无数人的生命。此外，他还积极组织民众开垦荒地，达80余顷，并疏通渠道灌溉农田，促进了农业生产的恢复与发展。

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毕沅不仅关注民生，还重视文化的传承与发展。他在陕西任职期间，特别注重保护历史文化遗迹，如缮修华岳庙等名胜古迹，并将征集的碑刻储藏于学宫之中，为后世留下了宝贵的文化遗产。他还设立了姬氏《五经》博士，负责祭祀文、武、成、康四王及周公墓，彰显了他对历史文化的尊重与传承。

乾隆四十一年（1776年），毕沅因政绩突出而被赐予花翎，这是对他工作的肯定。然而，在乾隆四十三年（1778年），由于处理高朴在叶尔羌私采玉石事件上的疏忽，毕沅受到了乾隆帝的严厉批评。此次事件虽未对毕沅的仕途造成严重影响，但也提醒他在处理政务时需更加谨慎。

乾隆四十四年（1779年），毕沅因母亲张藻去世而离职守丧。次年，陕西巡抚职位出现空缺，乾隆帝考虑到毕沅在西安任职已久，且守丧已近一年，特命其署理陕西巡抚。这一任命打破了常规，显示了乾隆帝对毕沅的信任。

乾隆四十六年（1781年），甘肃河州发生内乱，毕沅会同西安将军伍弥泰、提督马彪等人率兵前往平叛。事态平息后，乾隆帝赏赐毕沅一品顶戴。然而，同年，由于甘肃一些州县谎报灾情，毕沅未能及时上报，导致冒领赈济的问题暴露。毕沅为此请求罚款5万两白银以弥补损失，但仍遭御史钱沣弹劾。最终，乾隆帝在乾隆四十七年（1782年）褫夺了毕沅的一品顶戴，并将其降为三品。

尽管经历了短暂的挫折，乾隆四十八年（1783年），毕沅的顶戴得以恢复为一品，并在守丧期满后正式担任陕西巡抚。乾隆四十九年（1784年），面对甘肃再次发生的内乱，毕沅果断派遣军队进行镇压，再次展现出其在处理紧急事件方面的果敢与高效，赢得了乾隆帝的高度赞扬。

四、历抚豫荆

乾隆五十年（1785年）二月，毕沅被调任为河南巡抚。此时，黄河北岸地区连年干旱，粮食欠收导致租税难以征收，地方仓廪空虚。毕沅敏锐地意识到这一问题的严重性，随即上书朝廷，请求截留漕粮二十万石作为应急储备，并严禁私自囤积粮米，以稳定粮价。此外，他还提出疏通贾鲁河、惠济河，以改善漕运条件，确保粮食运输畅通。毕沅的这些奏请均得到了乾隆帝的批准和支持。

同年，毕沅还奉诏调查淮水的发源地。经过细致的勘查，他确认淮水源自桐柏山，并将这一发现报告给了乾隆帝。乾隆帝对此非常满意，特地御笔书写《淮源记》赐予毕沅，以表彰其在地理考察方面的贡献。

乾隆五十一年（1786年）六月，毕沅因政绩突出而被赏赐黄马褂，并擢升为湖广总督。然而，由于伊阳县（今河南汝阳）发生了秦国栋等人杀害官员的案件，且案件迟迟未破，乾隆帝对此十分不满，下达旨意责斥毕沅，并将其调回陕西巡抚的职位。