努尔哈赤去世后，代善的长子岳讬和三子萨哈璘向代善建议：“国不可一日无君，应当尽快确定新的领导者。四贝勒（皇太极）才德出众，深受先帝的信任，大家都愿意拥戴他，应该让他尽快继位。”在诸贝勒大臣会议上，代善首先提议拥戴皇太极，其他贝勒也纷纷表示赞同。因此，皇太极顺利即位为汗，并与其他三大贝勒并坐。

代善在皇太极即位后重新活跃起来。当年十月，他挂帅出征蒙古扎鲁特部，杀贝勒鄂尔寨图，并生擒贝勒巴克等十四人。十一月四日，代善凯旋回师，皇太极亲自带领诸贝勒大臣到铁岭樊河迎接。

天聪元年（1627年）五月，代善随皇太极出征锦州、宁远。当皇太极打算迎战宁远城外的明军满桂部队时，代善与其他两大贝勒极力反对，但皇太极为了洗刷父亲在宁远战败的耻辱，坚持作战，结果后金军损失惨重，被迫撤军。

天聪三年（1629年）十月，皇太极决定西征明朝。当行至喀喇沁的青城时，代善与莽古尔泰以过于冒险为由反对攻明，但代善之子岳讬带头支持皇太极，最终代善和其他贝勒被迫服从。随后，代善紧跟皇太极，一路进至北京城下，于德胜门外击败满桂所率明军，并在永定门外击败明军，杀死明侍郎刘之纶。第二年二月，代善随皇太极出塞返回沈阳。

天聪五年（1631年）八月，代善参与了大凌河之战，并取得胜利。在此期间，莽古尔泰在皇太极面前表现出不敬的态度，甚至露出刀刃。凯旋沈阳后不久，莽古尔泰被褫夺和硕贝勒之位。同年，皇太极通过礼部参政李伯龙的奏请，解决了并坐的问题，代善顺势发言表示愿意让皇太极独坐，自己和莽古尔泰侍坐于侧。从那时起，皇太极在元旦朝贺时独坐中央，代善则坐在右侧的特殊位置，成为定制。

五、屡遭敲打

代善虽然表面上顺从皇太极，但随着皇太极逐渐巩固自己的权力，兄弟之间的关系变得紧张。天聪九年（1635年）七月，察哈尔部林丹汗的遗孀归顺后金，皇太极安排代善娶林丹汗的大福晋娜木钟。代善拒绝了这个安排，表示娜木钟虽然地位尊贵但没有足够的财富，他希望娶另一位大福晋苏泰太后。然而，苏泰太后已经被许配给了刚丧偶的济尔哈朗，皇太极多次派人劝说代善娶娜木钟，但代善最终没有接受。娜木钟最终成为皇太极的妃子（懿靖大贵妃）。

同年九月，皇太极将林丹汗的另一位遗孀伯奇福晋赐给了豪格。豪格的妻子是皇太极姐姐莽古济的女儿，这让莽古济感到不满。当莽古济经过代善营地时，代善邀请她入内，并设宴款待，赠送财物，并派马送她回去。这件事被皇太极知晓后引发了极大的愤怒。

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二十五日，皇太极召集诸贝勒大臣会议，公开指责代善轻视君主，并列举了一系列代善的罪状：在征伐明朝时违背众贝勒意愿欲中途撤军，在征察哈尔时也表现出类似的固执态度；赏罚不公，偏袒本旗；