长安及关中地区则还掌握在后秦的手里，也就是姚苌建立的羌族政权。

谢玄收复洛阳后原本是要继续北上的，前锋刘牢之甚至一度打到了邺城。

但专政朝廷的司马道子忌讳谢氏功高，命令谢玄回镇淮阴，最后北伐又一次功败垂成。

但此后的东晋也即将迎来他的灭亡。

这时东晋的皇帝是司马德宗。

司马德宗是真正意义上的傻子，从小到大连话都不会说，也不知道冷暖。

司马道子和士族门阀扶持他登基完全就是为了把持朝政。

在门阀世家如此争权夺利下，东晋的朝政吏治自然也好不到哪里去。

世家们生活奢侈糜烂，姬妾成群，百姓们民不聊生。

这便逼迫得百姓们不得不造反了。

五斗米道的孙恩就在此时集结百姓发动了起义。

因百姓入道要求上交五斗米故而得名。

公元399年，孙恩号召七郡百姓同时起事，攻杀晋朝官吏，掠夺钱财粮食，不到十天，五斗米道便拥众数十万人。

这些百姓受尽士族的压迫，对士族的仇恨自然也是难以抑制的。

但是愚蠢而疯狂的孙恩等人利用民众的积怒，放纵信徒肆意杀害遇见的所有士族，劫掠妇女，甚至连婴儿都不能免死。

五斗米道的信众一路差点打进建康，但被刘牢之带领的北府军给击败了。

孙恩败逃海岛，连年从海岛入寇，烧杀劫掠百姓，前后历经数十战，又杀死民众数万人。

最后孙恩穷困投海自杀，徒党和妓妾说他成了水仙，跟着投水的多至百余人。

被孙恩掳去的二十余万人，三四年间，不是战死溺死，便是被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。

孙恩死后，余众推卢循为首领，被刘裕追击，泛海逃走，此后连年为寇作乱。

一波未平一波又起。

公元402年，桓温的儿子桓玄又起兵清君侧，实为造反。

这会儿刘牢之也因为朝廷的提防和对桓温实力强大产生了妥协，于是刘牢之率领北府军站队了桓玄。

东晋再无抵抗能力，桓玄攻入建康把持了朝政，一年后桓玄废了傻皇帝司马德宗，自己称帝了。

桓玄实现了他爹桓温想做没做到的事。

可是桓玄称帝后骄奢荒侈，游猎无度，致使百姓疲苦，朝野劳瘁。

并且桓玄大力剿杀北府军旧部，以图根绝隐患。

这让作为刘牢之部下的刘裕感受到了威胁。