按照电影中的设定，忍者神龟的诞生，还是和史莱德脱不了关系。

这和他们的一个计划有关，在他们的计划中，他们将在纽约释放一种可怕的化学毒素，一旦释放，这些毒素将会把这个城市的人置于死地，而这样可怕的效果将会威慑所有的国家。

随后，史莱德的弟子埃里克·萨克斯的公司将会介入，用他们研制的解毒剂解救所有人，借此萨克斯工业将会收获暴利，而史莱德也将获得整个城市的控制权。

很不错的计划，只是有一个问题，那就是他们要真的能够拿出解药来。

女主角的父亲当年的时候就是萨克斯实验室的主要成员，参与到这个被命名为“文艺复兴”的计划中。

一直以来，女主的父亲一直以为他们单纯地在复制一种传说中药物，万灵药。在实验室中，他们成功研制出了一种诱变剂，它可以刺激细胞水平的自我修复功能。

而在实验的过程中，他们把四只巴西龟外加一只老鼠当做了实验对象，来检验诱变剂的能力。这四只巴西龟，也因为这些诱变剂成为了未来的忍者神龟。莱昂纳多拉斐尔米开朗琪罗还有多纳泰多，这是小时候的女主角给它们取的名字。

之后女主的父亲发现了所谓文艺复兴计划的真相，于是他烧毁了实验室，销毁诱变剂的研究资料，他本人却也因此被萨克斯所杀。而史莱德的那个计划，却也不得不无限期推迟。

火焰之中，年幼的女主角把四只巴西龟和一只老鼠带出实验室，避免了它们的死亡。

诱变剂彻底改变了这些曾经普通的生物，从老鼠变成大号老鼠的斯普林特养育了四只年幼的忍者神龟，带着他们生活在下水道中，自学了忍术之后又教给自己的孩子，于是，未来的忍者神龟诞生了。

忍者神龟们一直隐藏在城市之中保护着城市，和大脚帮对抗。虽然过程中发生了一些波折，而且还被史莱德他们重新得到了诱变剂，不过最终挫败史莱德阴谋，拯救所有人，又是一个大团圆结局。